汇总:生物信息学常用数据库、软件及下载页面

2021-11-29 01:41:26 来源:
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一、动物资讯学方面的检索汇总1、碱基检索

NCBI []

NCBI (National Center for Biotechnology Information)是所称美国政府国立动物技术资讯中会心

EMBL []

欧洲水分子动物学试验中会室EMBL(The European Molecular Biology Laboratory)

DDBJ []

DDBJ(DNA Data Bank of Japan),于1984年建立,是当今四大DNA 检索之一,与NCBI的GenBank,EMBL的EBI检索协力一组国际DNA检索

CNGB []

中会华人民共和国发展中会华人民共和国家检索(China National GeneBank)毗邻佛山大鹏另行区,是声名大噪当今四大检索此后的在世界上第四大发展中会华人民共和国家级检索。它是中会华人民共和国首个,也是唯一一个发展中会华人民共和国家恩因库,相对于在世界上另外三个恩因库而言,发展中会华人民共和国家恩因库样品遗留的规模、存储量和可访问的数据集量皆是在世界上最主要。

BIGD []

中会华人民共和国发展中会华人民共和国家恩因组科学数据集中会心 永生与身心健康大数据集中会心 (National Genomics Data Center BIG Data Center)

2、非解码RNA检索(1).非解码小RNA检索

miRBase []

piRNAbank []

piRNAbank []

SILVA []

(2).长非解码RNA检索:

LncRNAdb []

真核动物

LncRNAwiki [_Page]

人类长非解码RNA检索

(3).非解码RNA家族检索

Rfam[]

十分相似Pfam的RNA家族注释检索

(4).非解码RNA恩因序列检索RNAcentral [ ]3、细胞就会内检索(1).细胞就会内资讯

Human protein atlas [ ]

生理抗原在细胞就会、秘密组织、病理条件下的表示

(2).抗原恩因序列检索

Pfam []

Pfam是细胞就会内家族的检索,以外使用隐具体来说模型生成的注释和多恩因序列鉴别。

SwissProt []

手动注释的非必需性抗原恩因序列检索

UniProt [ ]

PIR []

Antibodies []

BRENDA [ ]

HPRD []

InterPro []

通过整合多个抗原方面检索,提供了一个便捷的对抗原恩因序列进行时动态注释的的平台,以外对细胞就会内家族、在结构上域、动态残基的得出结论

iProClass []

PRF []

REBASE []

(3).细胞就会内在结构上检索

PDB []

通过试验中会测实有的在结构上

SCOP []

CATH []

PSI []

(4).抗原组检索PRIDE [](5).细胞就会内动态域检索

PROSITE []

最全面

Pfam []

最专业

ProDom []

CCD []

Prints []

SMART [ ]

TIGRFAM []

(6).抗原互作检索

STRING []

DIP []

试验中会验证的抗原相互主导作用检索

BioGRID [] :

IntAct [ ]

4、生物合成检索

MapMan:一个动态强大的生物合成近接地查阅和编辑操作系统

(1).生物合成近接地检索

KEGG []

GO []

NCBI BioSystems []

IMP []

plantCyc []

MANET [ ]

MetaNetX [ ]

(2).生物合成组学常用检索

MataboLights []

HMDB []

YMDB []

ECMDB []

(3).表型检索

Planteome []

dbGaP []

IPPN []

5、恩因序列鉴别(1).恩因序列与检索鉴别Blast [](2).多恩因序列近鉴别Clustal(3).恩因序列进化树研究MEGA6、恩因研究(1).恩因资讯

GeneCard []

Gene Wiki[_Wiki ]

(2).恩因注释

Blast []

Interproscan [],

WEGO []

KAAS []

(3).恩因动态得出结论:

FGENESH []

AUGUSTUS [ ]

GENESCAN []

GeneMark []

Glimmer []

(4).恩因在结构上得出结论

Exon-Intron Graphic Maker []

根据候选恩因的遗传物质和内含子等资讯绘制恩因在结构上

Blastp [_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome]

可Skype获取抗原在结构上域的注释和后方资讯

(5).共同点恩因研究OrthoDB是直系共同点物的综合索引[](6).亚细胞就会取向得出结论PSORT Prediction [](7).启动子研究Plantcare [](8).调控最终目标恩因的miRNA得出结论psRNAtarget [](9).表示研究

ArrayExpress [ ]

数据集来自EMBL的小水分子动态恩因组学试验中会的数据集;

BAR []

在研究恩因动态时,多半就会参照恩因的表示的系统,即恩因在植物不尽相同秘密组织不尽相同发育时期的表示丰度改变。通过Skype研究网上BAR对候恩因进行时表示研究。 是一个植物生信研究资源网上,用该网上研究表型时,不仅可以获得表型的系统的热图,还可以获得可视化的电子荧光图片,直观展现恩因在植物秘密组织中会的表示后方。

(10).恩因在结构上绘制

GSDS []

Gene Structure Display Server,恩于恩因组注释机密文件绘制恩因序列恩因在结构上等动态

7、细胞就会内研究(1).抗原二级三级在结构上得出结论及CGCFSSP []SOPMA [_automat.pl?page=npsa_sopma.html]PredictProtein []SWISS-MODEL [](2).抗原物理性质研究

ProtParam []

抗原物理性质研究是所称抗原的一些物理和动物化学给实有,如黏度、等电点、和氧原子一组、消光系数、半衰期、不稳实有系数、脂肪族所称数、亲质。这些给实有,适度进行时抗原的方面生化试验中会。比如在体外体系(大肠杆菌、酵母等)表示和制备最终目标抗原时,无需考虑抗原的黏度、等电点、消光系数、不稳实有系数和亲质等。在集中于酶活试验中会中会,也无需根据这些给实有优化试验中会体系。

(3).抗原亲奏请质研究

Protscale []

抗原的亲奏请质主要由其侧链羟恩R,如果R只是H或是C、H两锕系元素一组的话,都是奏请水的,如果含有极性侧链羟恩,如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等,则就是极性的(通透的)。奏请质有过氧化物、色氨酸、组氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、丝氨酸和蛋氨酸(甲硫氨酸)。奏请质在细胞就会内内部,在维持细胞就会内的三级在结构上上,集中于酶和恩质、特异性和抗原近的相互主导作用等各种非化学键的水分子联结方面,很强重要主导作用。

(4).横跨表皮在结构上研究

TMHMM []

抗原的横跨表皮在结构上研究对于得出结论抗原的亚细胞就会取向密切方面。如果很强横跨表皮在结构上,抗原很也许取向于细胞就会中会与表皮方面的在结构上,如细胞就会质表皮、线粒体表皮或线粒体表皮等内表皮系统。此外,抗原横跨表皮在结构上研究对于抗原动态研究也有一实有的尽力。比如某抗原从未横跨表皮在结构上,但是亚细胞就会取向试验中会显示其可取向于表皮方面在结构上,这陈述该抗原也许通过其他表皮取向抗原招聘过去的。

(5).波形肽研究

SignalP []

峰波形后方为波形肽切割点,峰之前的恩因序列为波形肽

波形肽是所称引导另行多肽的细胞就会内向激素通路集中于的稍短肽链,常毗邻抗原的N-末端,负责把细胞就会内引导到不尽相同表皮在结构上的亚细胞就会器内。解码激素抗原的mRNA在翻译时首先多肽N末端的波形肽,它被波形肽取向抗原(SRP)所取向,SRP将蛋白质携带至内质网上,内质网表皮上的 SPR 介导取向并与之联结。另行多肽抗原在波形肽引导下穿越内质网内腔,而波形肽则在波形肽集中于酶的主导作用下被切除。由于它的引导,另行生的就无需通过内质网表皮转入腔内,最终被激素到胞外。在细胞内菌中会表示外源抗原时,必需波形肽引导外源抗原取向激素到胞外,提高抗原可溶性,在噬菌体表示系统(大肠杆菌、微生物杆菌等)和真核表示系统(如毕赤酵母)中会均有应用领域。

(6).腺苷残基研究

NetPhos []

KinasePhos-2.0 []

细胞就会内腺苷所称由细胞就会内激集中于酶催化的把 ATP 的磷酸恩集中于到底物细胞就会内残恩(丝氨酸、脂类、过氧化物)上的过程,或者在波形主导作用下联结 GTP(多半以 GTP 取代 GDP),是动物体内一种都是的调节手段,在细胞就会波形转导的过程中会起重要主导作用。在波形达到时通过获得一个或几个磷酸集团而被启动时,而在波形西移动时能去除这些集团,从而失去活性。有时某个波形抗原腺苷多半造成中会下游的抗原分别为起因腺苷,形成腺苷级联反应。

二、动物资讯学操作系统及下载链接:

Clustal:

MEGA:

MAFFT:

Sequence Matrix:

PGDSpider:

DnaSP v6:

Arlequin:

MapMan:

PartitionFinder:

jModelTest:

IQ-TREE:

IQ-TREESkype:

RaxmlGUI:

Mrbayes 3.2.7:

PhyloSuite:

BEAST:

Figtree:

Tracer:

PopART:

Network:

Structure:

CLUMMP:

Distruct:

Migrate-N:

Phylonet: 或

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